本发明公开了一种真核生物来源的Argonaute蛋白及其应用，所述Argonaute蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示，或与如SEQ ID NO.1所示序列有至少50％的序列一致性；本发明首次证明了真核Argonaute蛋白对DNA的特异性切割活性，为真核Argonaute与DNA的相互作用研究提供了实验证明；同时，本发明使用的多肽、核酸、表达载体、组合物、试剂盒和方法能够对细胞内和细胞外的遗传物质进行位点特异性操作，可有效地应用于生物技术的许多领域，为基于真核生物来源的Argonaute多肽的基因编辑、修饰及分子检测提供了一种新的工具。