本发明公开了一种内切菊粉酶及其在生产低聚果糖中的应用，属于基因工程以及微生物工程技术领域。本发明提供的氨基酸序列如SEQ ID No.1所示的内切菊粉酶INU3B具有高比酶活和催化活性，其比酶活、最大反应速率(Vmax)、催化常数(Kcat)、底物亲和力(Km)和催化效率(Kcat/Km)分别可达2262.82±82.25U/mg、2564.1μmol·mg‑1min‑1、2393.2s‑1、10.6mg·mL‑1、225.77s‑1·mg‑1·mL，能满足内切菊粉酶以及低聚果糖(inulooligosaccharides，IOS)工业化生产的要求，在食品领域具有极高的应用前景。