本发明公开了一种用于检测副猪嗜血杆菌的基因芯片的制备及使用方法，包括以下步骤：(1)设计特异性引物和探针：以副猪嗜血杆菌的infB基因序列为靶序列，设计特异性引物和探针，副猪嗜血杆菌上游引物基因序列如序列表中SEQ ID NO：1所示，副猪嗜血杆菌下游引物基因序列如序列表中SEQ ID NO：2所示，所述的探针基因序列如序列表中SEQ ID NO：3所示；(2)合成上述特异性引物和探针；(3)基因芯片的制备：用TE Buffer溶解合成探针，在醛基化基片上接触式点样，点样完毕后将基因芯片干燥。本发明操作简便易行，省去了已点样基因芯片的水化处理和预杂交步骤，杂交只需2h，大大节省了时间，达到了快速检测的目的，可用于大规模检测。